Το ΕΒΕΘ, σε συνεργασία με άλλους φορείς από την Ελλάδα και το εξωτερικό, όπως ερευνητικά ινστιτούτα, περιφερειακές αρχές, επιχειρήσεις τοπικής ανάπτυξης, Εμπορικά Επιμελητήρια κλπ, σχεδιάζει και υλοποιεί  συγχρηματοδοτούμενα από την ΕΕ έργα, που αποσκοπούν στην ανάπτυξη της περιοχής της Θεσσαλονίκης, την ενίσχυση της ανταγωνιστικότητας των επιχειρήσεων μελών-του, αλλά και την αναβάθμιση των υπηρεσιών του. Τα εν λόγω έργα χρηματοδοτούνται από διάφορα Ευρωπαϊκά Προγράμματα, όπως Προγράμματα Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας, το Πρόγραμμα Horizon 2020, το Πρόγραμμα Διά Βίου Μάθησης και Δράσεις του ΕΣΠΑ. 

Από το 2015, έχει δοθεί ιδιαίτερη έμφαση στην υποστήριξη της προσπάθειας των ΜΜΕ της Θεσσαλονίκης και ευρύτερα της Κεντρικής Μακεδονίας να αναπτύξουν καινοτομία, αξιοποιώντας ευέλικτα χρηματοδοτικά εργαλεία όπως Κουπόνια Καινοτομίας και εστιάζοντας στις Περιφερειακές προτεραιότητες της Έξυπνης Εξειδίκευσης.